史振坤 (Zhenkun Shi)
研究方向
人工智能生物学、医疗数据挖掘、社会计算、深度学习、自然语言处理、人工群智
工作经历
时间 |
单位 |
职位 |
2023.11 - 至今 |
中国科学院天津工业生物研究所 |
副研究员 |
2020.12 - 2023.10 |
中国科学院天津工业生物研究所 |
博士后 (合作导师: 马红武研究员、廖小平研究员) |
学习经历
时间 |
学校 |
专业 |
学历 |
导师 |
2016.09 - 2020.12 |
吉林大学计算机科学与技术学院 |
计算机应用技术 |
博士 |
左万利 |
2017.11 - 2019.12 |
The University of Queensland,Australia |
医疗数据挖掘 |
CSC联培博士 |
Xue Li |
2014.06 - 2016.09 |
吉林大学计算机科学与计算机学院 |
计算机技术 |
硕士 |
赫风龄 |
2009.09 - 2013.07 |
河北农业大学信息科学与技术学院 |
软件工程 |
本科 |
|
学术论文
2023
- Zhenkun Shi, Rui Deng, Qianqian Yuan, Zhitao Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Xiaoping Liao*, Hongwu Ma*. Enzyme Commission Number Prediction and Benchmarking with Hierarchical Dual-core Multitask Learning Framework[J]. Research, 2023. (SCI 一区, IF:11.04).
- Zhenkun Shi, Sen Wang, Lin Yue, Yijia Zhang*, Binod Kumar Adhikari, Shuai Xue, Wanli Zuo, Xue Li. Dual-Core Mutual Learning Between Scoring Systems and Clinical Features for ICU Mortality Prediction[J]. Information Sciences, 2023: 118984. (CCF推荐B类期刊, SCI 一区, IF:8.23).
- Jinhui Niu, Zhitao Mao, Yufeng Mao, Ke Wu, Zhenkun Shi, Qianqian Yuan, Jingyi Cai, Hongwu Ma*. Construction and Analysis of an Enzyme-Constrained Metabolic Model of Corynebacterium glutamicum [J]. Biomolecules, 2023:1499.(SCI Q1 IF:5.5)
- Qianqian Yuan, Fan Wei, Xiaogui Deng, Aonan Li, Zhenkun Shi, Zhitao Mao, Feiran Li, Hongwu Ma*. Reconstruction and metabolic profiling of the genome-scale metabolic network model of Pseudomonas stutzeri A1501 [J]. Synthetic and Systems Biotechnology, 2023. (SCI Q1, IF:4.8)
- Jianqi Zhang, Shuai Ren, Zhenkui Shi, Ruoyu Wang, Haoran Li, Huijuan Tian, Miao Feng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma*. SCP4ssd: A Serverless Platform for Nucleotide Sequence Synthesis Difficulty Prediction Using an AutoML Model [J]. Genes, 2023:14(3):605. (SCI Q2, IF:3.5)
2022
- Zhenkun Shi, Pi Liu, Xiaoping Liao, Zhitao Mao, Jianqi Zhang, Qinhong Wang, Jibin Sun, Hongwu Ma, Yanhe Ma. Data-driven synthetic cell factories development for industrial biomanufacturing [J]. BioDesign Research, 2022.
- Shining Liang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Sen Wang, Junhu Wang, Xianglin Zuo. A multi-level neural network for implicit causality detection in web texts [J]. Neurocomputing, 2022, 481: 121-132. (CCF推荐C类期刊, SCI 二区, WOS:000761785300011, IF:5.78 ).
- Yijia Zhang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Binod Kumar Adhikari. Journal of Ambient Intelligence and Humanized Computing [J]. , 2022: 1-21. (SCI 二区,WOS:000760720900001, IF:3.66).
- Jinhui Niu, Zhitao Mao, Yufeng Mao, Ke Wu, Zhenkun Shi, Qianqian Yuan, Jingyi Cai, Hongwu Ma. Construction and Analysis of an Enzyme-Constrained Metabolic Model of Corynebacterium glutamicum [J]. Biomolecules, 2022, 12(10): 1499. (SCI 2区, WOS:000872168800001, IF:6.06).
- Yi Yang, Yufeng Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Ye Liu, Haijiao Cheng, Zhenkun Shi, Yu Wang, Meng Wang, Ping Zheng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma. AutoESD: a web tool for automatic editing sequence design for genetic manipulation of microorganisms [J]. Nucleic Acids Research, 2022, 50(W1): W75-W82. (SCI 1区, WOS:000805210700001, IF:19.16)
2021
- Zhenkun Shi, Sen Wang, Lin Yue, Lixin Pang, Xianglin Zuo, Wanli Zuo*, Xue Li. Deep dynamic imputation of clinical time series for mortality prediction[J]. Information Sciences, 2021, 579: 607-622 (CCF推荐B类期刊, SCI 一区, WOS:000701122700013, IF:8.23).
2020
- Zhenkun Shi, Wanli Zuo, Shining Liang, Xianglin Zuo*, Lin Yue, Xue Li. IDDSAM: An Integrated Disease Diagnosis and Severity Assessment Model for Intensive Care Units [J]. IEEE Access, 2020, 15423-15435:1-1. (SCI 二区, IF: 4.098, WOS: 000524741300012).
- Yijia Zhang, Zhenkun Shi*, Wanli Zuo, Lin Yue, Shining Liang, Xue Li. Joint Personalized Markov Chains with Social Network Embedding for Cold-Start Recommendation[J]. Neurocomputing, 2020, 386: 208-220. (SCI 二区, IF: 4.072)
- Suresh Pokharel, Zhenkun Shi*., Guido Zuccon, & Yu Li. (2020, November). Discriminative Features Generation for Mortality Prediction in ICU. In International Conference on Advanced Data Mining and Applications (pp. 324-338). Foshan, Cham (CCF推荐C类会议, WOS: 000723588900025).
2019
- Zhenkun Shi, Wanli Zuo, Weitong Chen, Lin Yue, Yuwei Hao, Shining Liang*. DMMAM: Deep Multi-Source Multi-Task Attention Model for Intensive Care Unit Diagnosis [C]. Lecture Notes In International Conference on Database Systems for Advanced Applications, 53-69. Springer, Cham, 2019. (SCI 会议, SCI检索号:WOS:000485172700004, CCF推荐B类会议).
- Zhenkun Shi, Weitong Chen, Shining Liang, Wanli Zuo*, Lin Yue, Sen Wang. Deep Interpretable Mortality Model for Intensive Care Unit Risk Prediction [C]. International Conference on Advanced Data Mining and Applications. Springer, Dalian, 2019: 617-631. (CCF推荐C类会议, WOS: 000582483200045).
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2018
- Yuwei Hao, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Lin Yue, Shuai Xue, Fengling He. Prognosis of thyroid disease using MS-apriori improved decision tree[C]. International Conference on Knowledge Science, Engineering and Management. Springer, ChangChun, 2018: 452-460. (CCF推荐C类会议, WOS:000886458900041).
- Yijia Zhang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Lin Yue, Shining Liang. Social Bayesian personal ranking for missing data in implicit feedback recommendation[C]. International Conference on Knowledge Science, Engineering and Management. Springer, ChangChun, 2018: 299-310. (CCF推荐C类会议, WOS:000886458900028).
- Yuwen Li, Yaojin Lin, Jinghua Liu, Wei Weng, Zhenkun Shi, Shunxiang Wu*. Feature selection for multi-label learning based on kernelized fuzzy rough sets[J]. Neurocomputing, 2018, 318: 271-286. (SCI 二区, IF: 4.098, SCI检索号: WOS: 000445763500025).
2017
- Zhenkun Shi, Wanli Zuo*, Weitong Chen, Lin Yue, Jiayu Han, Lizhou Feng. User relation prediction based on matrix factorization and hybrid particle swarm optimization [C]. Proceedings of the 26th International Conference on World Wide Web Companion. 2017: 1335-1341. (CCF推荐A类会议, EI:20190406414726).
- Lin Yue, Zhenkun Shi, Jiayu Han, Sen Wang, Weitong Chen, Wanli Zuo*. Multi-factors-based sentence ordering for cross-document fusion from multimodal content[J]. Neurocomputing, 2017, 253: 6-14. (SCI 二区, IF: 4.098, SCI检索号: WOS: 000403636200002).
2016
- TianWen Yuan, YiNan Lu, *ZhenKun Shi**, Zhe Zhang. Research on a Non-Rigid 3D Shape Retrieval Method Based on Global and Partial Description[C]. The 2nd international conference on Fuzzy Systems and Data Mining. 2016, 562-569. (EI 会议)
发明专利
- 史振坤, 郝雨微, 张一嘉, 左祥麟, 左万利, 医疗时序数据缺失值处理方法. CN202110955923.2.
- 史振坤,左祥麟,张一嘉,梁世宁,左万利,一种针对医院重症监护室患者疾病诊断与病情状态评估建模方法. CN202010067550.0.
- 梁世宁, 左祥麟, 史振坤, 张一嘉, 左万利, 一种基于关联决策树的甲状腺疾病预测建模方法. CN202010277951.9.
- 张一嘉, 左万利, 史振坤, 梁世宁, 一种面向注意力的语义敏感的标签推荐方法. CN202010270909.4.
- 郑余祥, 左祥麟, 史振坤, 张一嘉, 梁世宁, 左万利, 一种基于时间关系对文本包含的因果关系进行抽取的方法. CN202011489612.3.
软件著作
- 史振坤,左万利,左祥麟,韩佳育,杨方. 社交网络搜索系统(v1.0). 2016SR200872.
- 史振坤,左万利,韩佳育,杨方. 基于社交网络的问答系统(v1.0). 2016SR119719.
- 史振坤,左万利,韩佳育,梁世宁,郝雨薇. 因果关系抽取系统 (v1.0). 2017SR412844.
科研项目
- 国家自然科学基金委员会,青年项目(32201242):基于图神经网络的「酶-反应」预测及关联模式挖掘研究. 2023年1月-2025年12月,30万. (主持).
- 中国博士后科学基金委员会 ,面上项目(2022M713328):基于对抗生成网络的高性能酶功能注释方法研究. 2023年1月-2024年12月, 8万. (主持)
- 中国科学院,中国科学院特别研究助理项目:人工智能生物学. 2022年1月-2024年1月,80万. (主持)
- 天津市科技局,天津市合成生物技术创新能力提升行动项目(TIBICIP-CXRC-018):生物设计中的人工智能模型构建与应用. 2020年12月-2023年12月,100万. (主持)
- 国家自然科学基金委员会,面上项目(60973040):面向开放域文本的智能化因果关系学习. 2020年1月-2023年12月,57万. (第四参与人).
结项项目 |>click more
* 吉林省科技厅,吉林省科技攻关项目(20190302029GX):基于深度学习的因果关系学习与大知识库构建. 2019年1月-2021年12月,100万. (第五参加人).
* 吉林省科技厅,吉林省科技发展计划项目(20180101330JC):基于张量的医疗大数据建模与推理关键技术. 2018年1月-2020年12月,20万. (第五参与人).
国家/省部级奖励
- 左万利、王英、左祥麟、彭涛、王俊华、国琳、王萌萌、岳琳、凤丽洲、王鑫、韩佳育、史振坤. 社会化搜索技术与软件. 中国工商业联合会,二等奖. 2017-12,省部级。
- 史振坤、赵洋、张彬. 第十二届全国多媒体大赛, 二等奖, 2012-10, 国家级。
- 赵艳红、史振坤、宋永生. 河北省第十五届教育软件大赛, 高等教育组三等奖, 2011-09, 省部级。
工程项目
时间 |
项目 |
单位 |
任务 |
2019.05 - 2019-07 |
寒地城市空间绩效可视化评价与决策支持平台 |
吉林建筑大学建筑与规划学院 |
总负责人 |
2017.06 - 2019-03 |
Workdeliver 跨境工作匹配平台 |
中诚惠泽(北京)科技发展有限公司 |
开发总负责人 |
2016.09 - 2017-05 |
吉林省消防总队政治工作信息网 |
吉林省消防总队 |
总负责人 |
2016.11 - 2017-02 |
吉林大学网站集群迁移项目 |
吉林大学软件学院、东北亚研究院、学生工作部、注册与考试中心、智慧海洋研究院 |
总负责人 |
2013.12 - 2014-11 |
国产贴片机工业控制系统 |
北京博瑞精电科技有限公司 |
项目负责人 |
2010.06 - 2012-05 |
河北农业大学部门主页门户集群 |
河北农业大学网络中心 |
设计开发人员 |