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About Me

史振坤 (Zhenkun Shi)
性别： 男 民族： 汉
出生年月： 1989-06 籍贯： 河北
电子邮箱： shandian#vip.qq.com 联系电话： 15200098933

研究方向

人工智能生物学、医疗数据挖掘、社会计算、深度学习、自然语言处理、人工群智

工作经历

时间 单位 职位
2023.11 - 至今 中国科学院天津工业生物研究所 副研究员
2020.12 - 2023.10 中国科学院天津工业生物研究所 博士后 （合作导师： 马红武研究员、廖小平研究员）

学习经历

时间 学校 专业 学历 导师
2016.09 - 2020.12 吉林大学计算机科学与技术学院 计算机应用技术 博士 左万利
2017.11 - 2019.12 The University of Queensland，Australia 医疗数据挖掘 CSC联培博士 Xue Li
2014.06 - 2016.09 吉林大学计算机科学与计算机学院 计算机技术 硕士 赫风龄
2009.09 - 2013.07 河北农业大学信息科学与技术学院 软件工程 本科

学术论文

2025

  1. Jiao Liu, Xiaojia Zhao, Haijiao Cheng, Yanmei Guo, Xiaomeng Ni, Lixian Wang, Guannan Sun, Xiao Wen, Jiuzhou Chen, Jin Wang, Jingjing An, Xuan Guo, Zhenkun Shi, Haoran Li, Ruoyu Wang, Muqiang Zhao, Xiaoping Liao, Yu Wang, Ping Zheng✉, Meng Wang✉, Jibin Sun Comprehensive screening of industrially relevant components at genome scale using a high-quality gene overexpression collection of Corynebacterium glutamicum [J]. Trends in Biotechnology, 2025, 43(1): 220-247. (SCI 一区, IF:14.3). [📄Paper]
  2. Yijia Zhang, Wanyu Chen✉, Fei Cai, Zhenkun Shi, Feng Qi. DMR: disentangled and denoised learning for multi-behavior recommendation [J]. Complex & Intelligent Systems , 2025, 11(2): 1-23. (SCI Q1, IF: 5.0). [📄Paper]

2024

  1. Zhenkun Shi, Dehang Wang, Yang Li, Rui Deng, Jiawei Lin, Cui Liu, Haoran Li, Ruoyu Wang, Muqiang Zhao, Zhitao Mao, Qianqian Yuan, Xiaoping Liao✉, Hongwu Ma✉. REME: an integrated platform for reaction enzyme mining and evaluation [J]. Nucleic Acids Research (2024): gkae405. (SCI 一区, IF:16.6)
  2. Rui Deng, Ke Wu, Jiawei Lin, Dehang Wang, Yuanyuan Huang, Yang Li, Zhenkun Shi, Zihan Zhang, Zhiwen Wang, Zhitao Mao, Xiaoping Liao✉, Hongwu Ma✉. DeepSub: Utilizing Deep Learning for Predicting the Number of Subunits in Homo-Oligomeric Protein Complexes [J]. International Journal of Molecular Sciences 25.9 (2024): 4803. (SCI 二区, IF:4.9)
  3. Yuanyuan Huang, Zhitao Mao, Yue Zhang, Jianxiao Zhao, Xiaodi Luan, Ke Wu, Lili Yun, Jing Yu, Zhenkun Shi, Xiaoping Liao, Hongwu Ma. Omics data analysis reveals the system-level constraint on cellular amino acid composition. Synthetic and Systems Biotechnology [J], 9(2), 304-311. (SCI 二区, IF:4.4)

2023

  1. Zhenkun Shi, Rui Deng, Qianqian Yuan, Zhitao Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Xiaoping Liao*, Hongwu Ma*. Enzyme Commission Number Prediction and Benchmarking with Hierarchical Dual-core Multitask Learning Framework[J]. Research, 2023. (SCI 一区, IF:11.04). [🧶Codes, 📄Paper]
  2. Zhenkun Shi, Sen Wang, Lin Yue, Yijia Zhang*, Binod Kumar Adhikari, Shuai Xue, Wanli Zuo, Xue Li. Dual-Core Mutual Learning Between Scoring Systems and Clinical Features for ICU Mortality Prediction[J]. Information Sciences, 2023: 118984. (CCF推荐B类期刊, SCI 一区, IF:8.23). [📄Paper]
  3. Jinhui Niu, Zhitao Mao, Yufeng Mao, Ke Wu, Zhenkun Shi, Qianqian Yuan, Jingyi Cai, Hongwu Ma*. Construction and Analysis of an Enzyme-Constrained Metabolic Model of Corynebacterium glutamicum [J]. Biomolecules, 2023:1499.(SCI Q1 IF:5.5). [🧶Codes, 📄Paper]
  4. Qianqian Yuan, Fan Wei, Xiaogui Deng, Aonan Li, Zhenkun Shi, Zhitao Mao, Feiran Li, Hongwu Ma*. Reconstruction and metabolic profiling of the genome-scale metabolic network model of Pseudomonas stutzeri A1501 [J]. Synthetic and Systems Biotechnology, 2023. (SCI Q1, IF:4.8)
  5. Jianqi Zhang, Shuai Ren, Zhenkui Shi, Ruoyu Wang, Haoran Li, Huijuan Tian, Miao Feng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma*. SCP4ssd: A Serverless Platform for Nucleotide Sequence Synthesis Difficulty Prediction Using an AutoML Model [J]. Genes, 2023:14(3):605. (SCI Q2, IF:3.5)

2022

  1. Zhenkun Shi, Pi Liu, Xiaoping Liao, Zhitao Mao, Jianqi Zhang, Qinhong Wang, Jibin Sun, Hongwu Ma, Yanhe Ma. Data-driven synthetic cell factories development for industrial biomanufacturing [J]. BioDesign Research, 2022.
  2. Shining Liang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Sen Wang, Junhu Wang, Xianglin Zuo. A multi-level neural network for implicit causality detection in web texts [J]. Neurocomputing, 2022, 481: 121-132. (CCF推荐C类期刊， SCI 二区, WOS:000761785300011, IF:5.78 ).
  3. Yijia Zhang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Binod Kumar Adhikari. Integrating reviews and ratings into graph neural networks for rating prediction [J]. Journal of Ambient Intelligence and Humanized Computing [J]. , 2022: 1-21. (SCI 二区，WOS:000760720900001, IF:3.66).
  4. Jinhui Niu, Zhitao Mao, Yufeng Mao, Ke Wu, Zhenkun Shi, Qianqian Yuan, Jingyi Cai, Hongwu Ma. Construction and Analysis of an Enzyme-Constrained Metabolic Model of Corynebacterium glutamicum [J]. Biomolecules, 2022, 12(10): 1499. (SCI 2区, WOS:000872168800001, IF:6.06).
  5. Yi Yang, Yufeng Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Ye Liu, Haijiao Cheng, Zhenkun Shi, Yu Wang, Meng Wang, Ping Zheng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma. AutoESD: a web tool for automatic editing sequence design for genetic manipulation of microorganisms [J]. Nucleic Acids Research, 2022, 50(W1): W75-W82. (SCI 1区, WOS:000805210700001, IF:19.16)

2021

  1. Zhenkun Shi, Sen Wang, Lin Yue, Lixin Pang, Xianglin Zuo, Wanli Zuo*, Xue Li. Deep dynamic imputation of clinical time series for mortality prediction[J]. Information Sciences, 2021, 579: 607-622 (CCF推荐B类期刊, SCI 一区， WOS:000701122700013, IF:8.23).

2020

  1. Zhenkun Shi, Wanli Zuo, Shining Liang, Xianglin Zuo*, Lin Yue, Xue Li. IDDSAM: An Integrated Disease Diagnosis and Severity Assessment Model for Intensive Care Units [J]. IEEE Access, 2020, 15423-15435:1-1. (SCI 二区, IF: 4.098, WOS: 000524741300012).
  2. Yijia Zhang, Zhenkun Shi*, Wanli Zuo, Lin Yue, Shining Liang, Xue Li. Joint Personalized Markov Chains with Social Network Embedding for Cold-Start Recommendation[J]. Neurocomputing, 2020, 386: 208-220. (SCI 二区, IF: 4.072)
  3. Suresh Pokharel, Zhenkun Shi*., Guido Zuccon, & Yu Li. (2020, November). Discriminative Features Generation for Mortality Prediction in ICU. In International Conference on Advanced Data Mining and Applications (pp. 324-338). Foshan, Cham (CCF推荐C类会议, WOS: 000723588900025).
2019 年以前发表的论文 ｜>click more

2019

  1. Zhenkun Shi, Wanli Zuo, Weitong Chen, Lin Yue, Yuwei Hao, Shining Liang*. DMMAM: Deep Multi-Source Multi-Task Attention Model for Intensive Care Unit Diagnosis [C]. Lecture Notes In International Conference on Database Systems for Advanced Applications, 53-69. Springer, Cham, 2019. (SCI 会议, SCI检索号：WOS:000485172700004, CCF推荐B类会议).
  2. Zhenkun Shi, Weitong Chen, Shining Liang, Wanli Zuo*, Lin Yue, Sen Wang. Deep Interpretable Mortality Model for Intensive Care Unit Risk Prediction [C]. International Conference on Advanced Data Mining and Applications. Springer, Dalian, 2019: 617-631. (CCF推荐C类会议, WOS: 000582483200045).

2018

  1. Yuwei Hao, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Lin Yue, Shuai Xue, Fengling He. Prognosis of thyroid disease using MS-apriori improved decision tree[C]. International Conference on Knowledge Science, Engineering and Management. Springer, ChangChun, 2018: 452-460. (CCF推荐C类会议, WOS:000886458900041).
  2. Yijia Zhang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Lin Yue, Shining Liang. Social Bayesian personal ranking for missing data in implicit feedback recommendation[C]. International Conference on Knowledge Science, Engineering and Management. Springer, ChangChun, 2018: 299-310. (CCF推荐C类会议, WOS:000886458900028).
  3. Yuwen Li, Yaojin Lin, Jinghua Liu, Wei Weng, Zhenkun Shi, Shunxiang Wu*. Feature selection for multi-label learning based on kernelized fuzzy rough sets[J]. Neurocomputing, 2018, 318: 271-286. (SCI 二区, IF: 4.098, SCI检索号： WOS: 000445763500025).

2017

  1. Zhenkun Shi, Wanli Zuo*, Weitong Chen, Lin Yue, Jiayu Han, Lizhou Feng. User relation prediction based on matrix factorization and hybrid particle swarm optimization [C]. Proceedings of the 26th International Conference on World Wide Web Companion. 2017: 1335-1341. (CCF推荐A类会议, EI:20190406414726).
  2. Lin Yue, Zhenkun Shi, Jiayu Han, Sen Wang, Weitong Chen, Wanli Zuo*. Multi-factors-based sentence ordering for cross-document fusion from multimodal content[J]. Neurocomputing, 2017, 253: 6-14. (SCI 二区, IF: 4.098, SCI检索号： WOS: 000403636200002).

2016

  1. TianWen Yuan, YiNan Lu, *ZhenKun Shi**, Zhe Zhang. Research on a Non-Rigid 3D Shape Retrieval Method Based on Global and Partial Description[C]. The 2nd international conference on Fuzzy Systems and Data Mining. 2016, 562-569. (EI 会议)

发明专利

  • 史振坤, 郝雨微, 张一嘉, 左祥麟, 左万利, 医疗时序数据缺失值处理方法. CN202110955923.2.
  • 史振坤，左祥麟，张一嘉，梁世宁，左万利，一种针对医院重症监护室患者疾病诊断与病情状态评估建模方法. CN202010067550.0.
  • 梁世宁, 左祥麟, 史振坤, 张一嘉, 左万利, 一种基于关联决策树的甲状腺疾病预测建模方法. CN202010277951.9.
  • 张一嘉, 左万利, 史振坤, 梁世宁, 一种面向注意力的语义敏感的标签推荐方法. CN202010270909.4.
  • 郑余祥, 左祥麟, 史振坤, 张一嘉, 梁世宁, 左万利, 一种基于时间关系对文本包含的因果关系进行抽取的方法. CN202011489612.3.

软件著作

  • 史振坤，左万利，左祥麟，韩佳育，杨方. 社交网络搜索系统(v1.0). 2016SR200872.
  • 史振坤，左万利，韩佳育，杨方. 基于社交网络的问答系统(v1.0). 2016SR119719.
  • 史振坤，左万利，韩佳育，梁世宁，郝雨薇. 因果关系抽取系统 (v1.0). 2017SR412844.

科研项目

  • 国家自然科学基金委员会，青年项目（32201242）：基于图神经网络的「酶-反应」预测及关联模式挖掘研究. 2023年1月-2025年12月，30万. (主持).
  • 中国科学院，关键核心技术攻坚先导专项（C类）- 子课题（XDC0120201）：碳链延长新反应途径的智能设计，2023年12月- 2026年11月，130万. (主持)
结项项目 ｜>click more
  • 中国博士后科学基金委员会 ，面上项目（2022M713328）：基于对抗生成网络的高性能酶功能注释方法研究. 2023年1月-2024年12月, 8万. （主持）
  • 中国科学院，中国科学院特别研究助理项目：人工智能生物学. 2022年1月-2024年1月，80万. (主持)
  • 天津市科技局，天津市合成生物技术创新能力提升行动项目（TIBICIP-CXRC-018）：生物设计中的人工智能模型构建与应用. 2020年12月-2023年12月，100万. (主持)
  • 国家自然科学基金委员会，面上项目（60973040）：面向开放域文本的智能化因果关系学习. 2020年1月-2023年12月，57万. (第四参与人).
  • 吉林省科技厅，吉林省科技攻关项目（20190302029GX）：基于深度学习的因果关系学习与大知识库构建. 2019年1月-2021年12月，100万. (第五参加人).
  • 吉林省科技厅，吉林省科技发展计划项目（20180101330JC）：基于张量的医疗大数据建模与推理关键技术. 2018年1月-2020年12月，20万. (第五参与人).

国家/省部级奖励

  1. 左万利、王英、左祥麟、彭涛、王俊华、国琳、王萌萌、岳琳、凤丽洲、王鑫、韩佳育、史振坤. 社会化搜索技术与软件. 中国工商业联合会，二等奖. 2017-12，省部级。
  2. 史振坤、赵洋、张彬. 第十二届全国多媒体大赛, 二等奖, 2012-10, 国家级。
  3. 赵艳红、史振坤、宋永生. 河北省第十五届教育软件大赛, 高等教育组三等奖, 2011-09, 省部级。

工程项目

时间 项目 单位 任务
2022.05 - 2024-05 非天然反应酶挖掘评价平台 中国科学院天津工业生物研究所 总负责人
2019.05 - 2019-07 寒地城市空间绩效可视化评价与决策支持平台 吉林建筑大学建筑与规划学院 总负责人
2017.06 - 2019-03 Workdeliver 跨境工作匹配平台 中诚惠泽(北京)科技发展有限公司 开发总负责人
2016.09 - 2017-05 吉林省消防总队政治工作信息网 吉林省消防总队 总负责人
2016.11 - 2017-02 吉林大学网站集群迁移项目 吉林大学软件学院、东北亚研究院、学生工作部、注册与考试中心、智慧海洋研究院 总负责人
2013.12 - 2014-11 国产贴片机工业控制系统 北京博瑞精电科技有限公司 项目负责人
2010.06 - 2012-05 河北农业大学部门主页门户集群 河北农业大学网络中心 设计开发人员