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About Me

史振坤 (Zhenkun Shi)
性别： 男 民族： 汉
出生年月： 1989-06 籍贯： 河北
电子邮箱： shandian@vip.qq.com 联系电话： 15200098933

研究方向

人工智能生物学、医疗数据挖掘、社会计算、深度学习、自然语言处理、人工群智

工作经历

时间 单位 职位
2023.11 - 至今 中国科学院天津工业生物研究所 副研究员
2020.12 - 2023.10 中国科学院天津工业生物研究所 博士后 （合作导师： 马红武研究员、廖小平研究员）

学习经历

时间 学校 专业 学历 导师
2016.09 - 2020.12 吉林大学计算机科学与技术学院 计算机应用技术 博士 左万利
2017.11 - 2019.12 The University of Queensland，Australia 医疗数据挖掘 CSC联培博士 Xue Li
2014.06 - 2016.09 吉林大学计算机科学与计算机学院 计算机技术 硕士 赫风龄
2009.09 - 2013.07 河北农业大学信息科学与技术学院 软件工程 本科

学术论文

2023

  1. Zhenkun Shi, Rui Deng, Qianqian Yuan, Zhitao Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Xiaoping Liao*, Hongwu Ma*. Enzyme Commission Number Prediction and Benchmarking with Hierarchical Dual-core Multitask Learning Framework[J]. Research, 2023. (SCI 一区, IF:11.04).
  2. Zhenkun Shi, Sen Wang, Lin Yue, Yijia Zhang*, Binod Kumar Adhikari, Shuai Xue, Wanli Zuo, Xue Li. Dual-Core Mutual Learning Between Scoring Systems and Clinical Features for ICU Mortality Prediction[J]. Information Sciences, 2023: 118984. (CCF推荐B类期刊, SCI 一区, IF:8.23).
  3. Jinhui Niu, Zhitao Mao, Yufeng Mao, Ke Wu, Zhenkun Shi, Qianqian Yuan, Jingyi Cai, Hongwu Ma*. Construction and Analysis of an Enzyme-Constrained Metabolic Model of Corynebacterium glutamicum [J]. Biomolecules, 2023:1499.(SCI Q1 IF:5.5)
  4. Qianqian Yuan, Fan Wei, Xiaogui Deng, Aonan Li, Zhenkun Shi, Zhitao Mao, Feiran Li, Hongwu Ma*. Reconstruction and metabolic profiling of the genome-scale metabolic network model of Pseudomonas stutzeri A1501 [J]. Synthetic and Systems Biotechnology, 2023. (SCI Q1, IF:4.8)
  5. Jianqi Zhang, Shuai Ren, Zhenkui Shi, Ruoyu Wang, Haoran Li, Huijuan Tian, Miao Feng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma*. SCP4ssd: A Serverless Platform for Nucleotide Sequence Synthesis Difficulty Prediction Using an AutoML Model [J]. Genes, 2023:14(3):605. (SCI Q2, IF:3.5)

2022

  1. Zhenkun Shi, Pi Liu, Xiaoping Liao, Zhitao Mao, Jianqi Zhang, Qinhong Wang, Jibin Sun, Hongwu Ma, Yanhe Ma. Data-driven synthetic cell factories development for industrial biomanufacturing [J]. BioDesign Research, 2022.
  2. Shining Liang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Sen Wang, Junhu Wang, Xianglin Zuo. A multi-level neural network for implicit causality detection in web texts [J]. Neurocomputing, 2022, 481: 121-132. (CCF推荐C类期刊， SCI 二区, WOS:000761785300011, IF:5.78 ).
  3. Yijia Zhang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Binod Kumar Adhikari. Journal of Ambient Intelligence and Humanized Computing [J]. , 2022: 1-21. (SCI 二区，WOS:000760720900001, IF:3.66).
  4. Jinhui Niu, Zhitao Mao, Yufeng Mao, Ke Wu, Zhenkun Shi, Qianqian Yuan, Jingyi Cai, Hongwu Ma. Construction and Analysis of an Enzyme-Constrained Metabolic Model of Corynebacterium glutamicum [J]. Biomolecules, 2022, 12(10): 1499. (SCI 2区, WOS:000872168800001, IF:6.06).
  5. Yi Yang, Yufeng Mao, Ruoyu Wang, Haoran Li, Ye Liu, Haijiao Cheng, Zhenkun Shi, Yu Wang, Meng Wang, Ping Zheng, Xiaoping Liao, Hongwu Ma. AutoESD: a web tool for automatic editing sequence design for genetic manipulation of microorganisms [J]. Nucleic Acids Research, 2022, 50(W1): W75-W82. (SCI 1区, WOS:000805210700001, IF:19.16)

2021

  1. Zhenkun Shi, Sen Wang, Lin Yue, Lixin Pang, Xianglin Zuo, Wanli Zuo*, Xue Li. Deep dynamic imputation of clinical time series for mortality prediction[J]. Information Sciences, 2021, 579: 607-622 (CCF推荐B类期刊, SCI 一区， WOS:000701122700013, IF:8.23).

2020

  1. Zhenkun Shi, Wanli Zuo, Shining Liang, Xianglin Zuo*, Lin Yue, Xue Li. IDDSAM: An Integrated Disease Diagnosis and Severity Assessment Model for Intensive Care Units [J]. IEEE Access, 2020, 15423-15435:1-1. (SCI 二区, IF: 4.098, WOS: 000524741300012).
  2. Yijia Zhang, Zhenkun Shi*, Wanli Zuo, Lin Yue, Shining Liang, Xue Li. Joint Personalized Markov Chains with Social Network Embedding for Cold-Start Recommendation[J]. Neurocomputing, 2020, 386: 208-220. (SCI 二区, IF: 4.072)
  3. Suresh Pokharel, Zhenkun Shi*., Guido Zuccon, & Yu Li. (2020, November). Discriminative Features Generation for Mortality Prediction in ICU. In International Conference on Advanced Data Mining and Applications (pp. 324-338). Foshan, Cham (CCF推荐C类会议, WOS: 000723588900025).

2019

  1. Zhenkun Shi, Wanli Zuo, Weitong Chen, Lin Yue, Yuwei Hao, Shining Liang*. DMMAM: Deep Multi-Source Multi-Task Attention Model for Intensive Care Unit Diagnosis [C]. Lecture Notes In International Conference on Database Systems for Advanced Applications, 53-69. Springer, Cham, 2019. (SCI 会议, SCI检索号：WOS:000485172700004, CCF推荐B类会议).
  2. Zhenkun Shi, Weitong Chen, Shining Liang, Wanli Zuo*, Lin Yue, Sen Wang. Deep Interpretable Mortality Model for Intensive Care Unit Risk Prediction [C]. International Conference on Advanced Data Mining and Applications. Springer, Dalian, 2019: 617-631. (CCF推荐C类会议, WOS: 000582483200045).
2018 年以前发表的论文 ｜>click more

2018

  1. Yuwei Hao, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Lin Yue, Shuai Xue, Fengling He. Prognosis of thyroid disease using MS-apriori improved decision tree[C]. International Conference on Knowledge Science, Engineering and Management. Springer, ChangChun, 2018: 452-460. (CCF推荐C类会议, WOS:000886458900041).
  2. Yijia Zhang, Wanli Zuo, Zhenkun Shi*, Lin Yue, Shining Liang. Social Bayesian personal ranking for missing data in implicit feedback recommendation[C]. International Conference on Knowledge Science, Engineering and Management. Springer, ChangChun, 2018: 299-310. (CCF推荐C类会议, WOS:000886458900028).
  3. Yuwen Li, Yaojin Lin, Jinghua Liu, Wei Weng, Zhenkun Shi, Shunxiang Wu*. Feature selection for multi-label learning based on kernelized fuzzy rough sets[J]. Neurocomputing, 2018, 318: 271-286. (SCI 二区, IF: 4.098, SCI检索号： WOS: 000445763500025).

2017

  1. Zhenkun Shi, Wanli Zuo*, Weitong Chen, Lin Yue, Jiayu Han, Lizhou Feng. User relation prediction based on matrix factorization and hybrid particle swarm optimization [C]. Proceedings of the 26th International Conference on World Wide Web Companion. 2017: 1335-1341. (CCF推荐A类会议, EI:20190406414726).
  2. Lin Yue, Zhenkun Shi, Jiayu Han, Sen Wang, Weitong Chen, Wanli Zuo*. Multi-factors-based sentence ordering for cross-document fusion from multimodal content[J]. Neurocomputing, 2017, 253: 6-14. (SCI 二区, IF: 4.098, SCI检索号： WOS: 000403636200002).

2016

  1. TianWen Yuan, YiNan Lu, *ZhenKun Shi**, Zhe Zhang. Research on a Non-Rigid 3D Shape Retrieval Method Based on Global and Partial Description[C]. The 2nd international conference on Fuzzy Systems and Data Mining. 2016, 562-569. (EI 会议)

发明专利

  • 史振坤, 郝雨微, 张一嘉, 左祥麟, 左万利, 医疗时序数据缺失值处理方法. CN202110955923.2.
  • 史振坤，左祥麟，张一嘉，梁世宁，左万利，一种针对医院重症监护室患者疾病诊断与病情状态评估建模方法. CN202010067550.0.
  • 梁世宁, 左祥麟, 史振坤, 张一嘉, 左万利, 一种基于关联决策树的甲状腺疾病预测建模方法. CN202010277951.9.
  • 张一嘉, 左万利, 史振坤, 梁世宁, 一种面向注意力的语义敏感的标签推荐方法. CN202010270909.4.
  • 郑余祥, 左祥麟, 史振坤, 张一嘉, 梁世宁, 左万利, 一种基于时间关系对文本包含的因果关系进行抽取的方法. CN202011489612.3.

软件著作

  • 史振坤，左万利，左祥麟，韩佳育，杨方. 社交网络搜索系统(v1.0). 2016SR200872.
  • 史振坤，左万利，韩佳育，杨方. 基于社交网络的问答系统(v1.0). 2016SR119719.
  • 史振坤，左万利，韩佳育，梁世宁，郝雨薇. 因果关系抽取系统 (v1.0). 2017SR412844.

科研项目

  • 国家自然科学基金委员会，青年项目（32201242）：基于图神经网络的「酶-反应」预测及关联模式挖掘研究. 2023年1月-2025年12月，30万. (主持).
  • 中国博士后科学基金委员会 ，面上项目（2022M713328）：基于对抗生成网络的高性能酶功能注释方法研究. 2023年1月-2024年12月, 8万. （主持）
  • 中国科学院，中国科学院特别研究助理项目：人工智能生物学. 2022年1月-2024年1月，80万. (主持)
  • 天津市科技局，天津市合成生物技术创新能力提升行动项目（TIBICIP-CXRC-018）：生物设计中的人工智能模型构建与应用. 2020年12月-2023年12月，100万. (主持)
  • 国家自然科学基金委员会，面上项目（60973040）：面向开放域文本的智能化因果关系学习. 2020年1月-2023年12月，57万. (第四参与人).
结项项目 ｜>click more * 吉林省科技厅，吉林省科技攻关项目（20190302029GX）：基于深度学习的因果关系学习与大知识库构建. 2019年1月-2021年12月，100万. (第五参加人).
* 吉林省科技厅，吉林省科技发展计划项目（20180101330JC）：基于张量的医疗大数据建模与推理关键技术. 2018年1月-2020年12月，20万. (第五参与人).

国家/省部级奖励

  1. 左万利、王英、左祥麟、彭涛、王俊华、国琳、王萌萌、岳琳、凤丽洲、王鑫、韩佳育、史振坤. 社会化搜索技术与软件. 中国工商业联合会，二等奖. 2017-12，省部级。
  2. 史振坤、赵洋、张彬. 第十二届全国多媒体大赛, 二等奖, 2012-10, 国家级。
  3. 赵艳红、史振坤、宋永生. 河北省第十五届教育软件大赛, 高等教育组三等奖, 2011-09, 省部级。

工程项目

时间 项目 单位 任务
2019.05 - 2019-07 寒地城市空间绩效可视化评价与决策支持平台 吉林建筑大学建筑与规划学院 总负责人
2017.06 - 2019-03 Workdeliver 跨境工作匹配平台 中诚惠泽(北京)科技发展有限公司 开发总负责人
2016.09 - 2017-05 吉林省消防总队政治工作信息网 吉林省消防总队 总负责人
2016.11 - 2017-02 吉林大学网站集群迁移项目 吉林大学软件学院、东北亚研究院、学生工作部、注册与考试中心、智慧海洋研究院 总负责人
2013.12 - 2014-11 国产贴片机工业控制系统 北京博瑞精电科技有限公司 项目负责人
2010.06 - 2012-05 河北农业大学部门主页门户集群 河北农业大学网络中心 设计开发人员